Van Reede nació en el seno de una familia de la nobleza de Utrech, siendo el más pequeño de siete hermanos. Quedó huérfano muy joven, y a los 20 años ingresa como soldado en la Compañía Holandesa de las Indias Orientales.

Tras luchar contra los portugueses en la India, se ganó el puesto de alférez. Desde 1660, la Compañía le encarga la investigación sobre plantas con fines terapéuticos. Van Reede comienza a trabajar sobre la flora de la región de Malabar, reuniendo valiosa información local sobre etnobotánica. También cuenta con la asistencia de casi un centenar de colaboradores entre médicos, profesores y estudiosos indios, botánicos (entre los que se encuentra Jan Commelijn, tío de Caspar Commelijn), oficiales, clérigos ilustradores y grabadores.

El primer volumen de Hortus Malabaricus se publicó en 1678 gracias al empeño de Jan Commelijn, fundador del Hortus Botanicus de Ámsterdam, mientras van Rheede ejercía como gobernador de Cochin. Se trata de un compendio de 742 especies de plantas medicinales de la región de Kerala en el que van Reede trabajó hasta su muerte en 1691.

En total se publicaron doce volúmenes de Hortus malabaricus, entre los años 1678 y 1703, constituyendo la obra botánica más extensa del momento sobre la flora asiática. Originalmente escrito en latín, sus 794 grabados calcográficos incluyen los nombres de las plantas en cuatro idiomas (latín, sánscrito, árabe y malayalam). Estos grabados botánicos, elaborados con enorme fidelidad y maestría, están finamente estampados a doble página en su mayoría, confiriendo a la obra un gran interés gráfico.

En 1684 Van Reede fue designado por la Compañía para combatir la corrupción dentro de sus empleados e inspeccionar la Colonia del Cabo, Ceilán y la India holandesa. A finales de 1691 falleció en alta mar durante uno de sus viajes, frente a la costa de Bombay.