John Ray nació en 1627 en un pueblo de Essex (Inglaterra). Su madre, herbolaria, le inculcó su pasión por el mundo vegetal. Desde muy joven destacó por su talento, por lo que le fue concedida una beca para estudiar teología en Cambridge. Cuando se graduó, en 1648, pasó a impartir clases en dicha universidad, donde formó a muchos estudiantes que siguieron sus pasos en el estudio de la naturaleza. Entre ellos destacó Francis Willughby, un jóven de familia acomodada con el que realizó numerosas excursiones botánicas por las islas británicas.

En 1660 John Ray publica Catalogus stirpium circa Cantabrigiam nascentium, su primera obra dedicada al estudio de la naturaleza, en el que abordaba la descripción de 671 especies de plantas de la región de Cambridge.

Con el apoyo económico y la compañía de Francis Willughby, Ray emprende un viaje por Europa entre los años 1663 y 1665. Ambos recorrieron Bélgica, Holanda, Alemania, Italia y Francia registrando meticulosamente los animales y plantas que encontraban a su paso hasta que fueron obligados a volver a Inglaterra en 1666 por orden del rey de Francia. Repentinamente, su inseparable compañero fallece  a los 37 años, por lo que Ray tuvo que abandonar su casa en Middleton, cedida por Willughby, y trasladarse a Essex donde trabajaría hasta su muerte.  

Ray desveló la estructura de las plantas mediante la observación y la experimentación, diseccionando las semillas y revelando que podían distinguirse dos grandes grupos según tuvieran una o dos hojas embrionarias. En 1674 introduce la distinción entre monocotiledóneas y dicotiledóneas, clasificación que todavía hoy persiste. John Ray también introdujo el concepto de especie, definiéndolo como el conjunto de individuos morfológicamente similares con ciertos caracteres que se perpetuarían en su progenie. Además, y no menos importante, Ray enumeró una serie de caracteres que no resultaban de utilidad en la clasificación y deberían evitarse (como por ejemplo la altura de una planta).

En 1682 publica Methodus plantarum nova dando a conocer sus conclusiones. Este trabajo constituye el primer tratado taxonómico que clasifica el mundo vegetal de forma sólida. Sin embargo, su gran obra fue Historia generalis plantarum, donde aplica su sistema de clasificación a gran escala. Publicada en tres partes en 1686, 1688 y 1704 en esta obra de casi 3.000 páginas se describen 18.600 especies organizadas en 125 grupos según criterios morfológicos. Desgraciadamente no contenía ilustraciones, ya que Ray creyó que "los estudiantes de ciencias no necesitaban imágenes para iluminar su mente".

En cuanto a la sistemática del reino animal, Ray se sintió obligado a completar y publicar los trabajos que había iniciado Willughby en Ornithologiae (1676) y De Historia piscium (1686), ambos con numerosas planchas de grabados al cobre. Por su parte publicó Synopsis methodica animalium quadrupedum et serpentini generis en 1691, sin ilustraciones. Póstumamente se publicó Historia insectorum, en 1710, el cual también carece de ilustraciones. Por tanto, los únicos trabajos ilustrados en los que se ve implicado John Ray son aquellos que publicó sobre los trabajos de Francis Willughby, los cuales resultaron tan costosos que probablemente le disuadieron a ilustrar los siguientes.

Ray aprovechó sus tratados de zoología para ridiculizar teorías como la generación espontánea, y advirtiendo que no existían aves fénix, grifos, harpías y otras bestias legendarias incluidas en tratados clásicos de historia natural, por lo que contribuyó de manera importantísima al progreso del estudio del mundo natural sustentado estrictamente en bases científicas.