Jonston (o Jonstonus) nació en Polonia, en el seno de una familia de ascendencia escocesa. Estudió primero en la ciudad polaca de Torum, aunque pronto toda la familia se trasladó de nuevo a Escocia y Jonston pudo continuar sus estudios de medicina en Saint Andrews. Posteriormente viaja por Alemania, Francia, Italia y Holanda, hasta trasladarse a Leiden, donde obtiene la cátedra de medicina.

Jonston quiso recopilar en una obra todos los saberes sobre historia natural de la época, al igual que anteriormente habían hecho autores clásicos como Aristóteles, Plinio o Teofrasto. Para ello, se basó en las grandes obras publicadas por autores del Renacimiento como Gesner, Aldrovandi o incluso Belon, de quienes compiló la mayor parte de la información que plasmó en su gran obra enciclopédica Historiae Naturalis, contenida en varios volúmenes publicados por primera vez en Frankfurt entre 1649 y 1653. Estos volúmenes contenían los siguientes títulos y materias:

• Historiae naturalis de piscibus et cetis (1649) con 47 láminas calcográficas en las que se figuran más de 500 especies de peces y cetáceos.
• Historiae naturalis de quadrupedibus (1650) con 80 láminas de grabados al obre en las que se figuran más de 350 cuadrúpedos.
• Historiae naturalis de avibus (1650) con 62 láminas y más de 500 especies de aves representadas.
• Historiae naturalis de exanguibus aquaticis (1650) sobre los "animales sin sangre" en el que se incluyen moluscos, crustáceos, equinodermos y otros invertebrados marinos.
• Historiae naturalis de insectis, de serpentibus et draconibus (1653) con 28 láminas grabadas con infinidad de insectos, 9 sobre serpientes y 3 con dragones, hidras y otros seres mitológicos.

Historiae Naturalis constituye la última enciclopedia del mundo animal de estilo renacentista. Sus textos no introducen nuevos conocimientos, ya que Jonston simplemente se dedica a refundir contenidos de autores y trabajos previos. Sin embargo, es una obra ampliamente leída y citada. La mayor aportación de la misma fueron sin duda los miles de grabados al cobre realizados por Matthäus Merian el Joven que la ilustran, lo que supuso un verdadero cambio con respecto a enciclopedias previas. Cada volumen se ilustraba además con un bellísimo frontispicio grabado por Merian. Dada su belleza estética, esta obra se reimprimió varias veces, lo que permitió transmitir a los siglos XVII y XVIII los conocimientos zoológicos de siglos anteriores.

Además de las ediciones en latín de Frankfurt y Ámsterdam, pronto comenzó a traducirse y a editarse en inglés (1657) y en holandés (1660). Posteriormente, ya en el siglo XVIII, ven también la luz ediciones en francés (1773) y en alemán (1774).