Johann Theodor nació en Estrasburgo. Hijo mayor de Theodor de Bry, grabador y editor de reconocido prestigio en la época, pronto se puso a trabajar en el negocio familiar junto a su hermano Johannes Israel, grabando retratos, emblemas, escenas mitológicas o históricas, e incluso alfabetos grotescos. La primera obra relacionada con la historia natural que publica Johann Theodor es Florilegium novum, que ve la luz en Frankfurt entre 1611 y 1614. Se trata de un compendio de 35 planchas grabadas al cobre en donde se pueden percibir claramente las influencias de Le Jardin du Roy de Pierre Vallet, o de Hortus floridus de Crispijn van de Passe. Sin embargo, en las láminas de Johann Theodor se percibe un completo dominio de las técnicas de grabado y de la composición, lo que hace que este trabajo sea uno de los más importantes tratados ilustrados de botánica del siglo XVII.

Johann Theodor dio continuidad a la obra magna de su padre, los Grandes Viajes. Tras su muerte fueron sus yernos, Matthaus Merian y Guillaume Fitzer, quienes continuaron el trabajo, incluyendo Asia y Africa y alcanzando un total de 30 volúmenes.

En 1641 Matthaus Merian publica Florilegium renovatum et auctum, una edición expandida de la obra de su suegro Johann Theodor, en la que incluye 174 láminas grabadas que completan un catálogo botánico con numerosas especies vegetales exóticas, así como diseños de parterres o formas de exhibición de las diferentes flores. representación pictórica del jardín de Schwindt como un gabinete de curiosidades.