Scheuchzer nació en la localidad suiza de Zúrich en 1672. Hijo de médico, Johann Jakob continúa la trayectoria de su padre estudiando medicina en Altdorf, obteniendo el doctorado en 1694 en Utrech. Un año después Johann Jakob comienza a ejercer de médico en su ciudad natal, desde donde explora los Alpes suizos. También es nombrado director del Gabinete de Arte e Historia Natural y Scheuchzer emprende distintas exploraciones por su país natal con una visión especialmente sensible a la paleontología y a la historia natural.

En 1701 publica el primer libro de historia natural en lengua alemana: Physica, oder Natur-Wissenschaft., y año después ve la luz Specimen lithografiae helveticae, un trabajo sobre fósiles en el que se entienden los mismos como caprichos de la naturaleza vestigios del diluvio universal. En 1707 se publica Seltsamen Naturgeschichten des Schweizer-Lands wochentliche Erzehlung, donde Scheuchzer refuta las leyendas populares que existen sobre ciertas especies o fenómenos naturales, y en 1708 Piscium Querelae et vindiciae, obra diluvista sobre peces fosilizados provista de 5 láminas grabadas de gran calidad. Estos testimonios fósiles eran para Scheuchzer una prueba más del diluvio bíblico. Siguiendo esta hipótesis, en 1709 publica Herbarium deluvianum collectum, el primer trabajo sobre paleobotánica provisto de 14 láminas de grabados calcográficos donde se figuran diversas especies de vegetales fósiles procedentes del Carbonífero y Pérmico, fundamentalmente, y que es reeditado en 1723. También en 1723 ve la luz Itinera per Helvetiae alpinas regiones facta annis, un trabajo en el que se relatan sus viajes por territorios suizos y se describen sus hallazgos en relación con la historia natural. Durante sus excursiones Scheuchzer conseguirá acumular una gran colección de fósiles y minerales que se conserva hoy día en el Museo Paleontológico de Zúrich.

En 1726 Scheuchzer envía una carta a Hans Sloane, en ese momento secretario de la Royal Society, en la que comunica un nuevo descubrimiento: un fósil de un ser humano antediluviano. Este fósil, conocido como Homo diluvii testis o el hombre testigo del diluvio, corroboraría según Scheuchzer la catástrofe divina, y así lo difundió por Europa, publicando en ese mismo año su descripción junto a un grabado de gran tamaño del fósil en cuestión. Habrá que esperar a que Cuvier (1769-1832) desmienta tal teoría y confirme en 1811 que se trata en realidad del fósil de una salamandra gigante del género Andrias, a la cual nomina como A. scheuchzeri en honor a Johann Jakob.

Entre 1731 y 1735 Scheuchzer publicará en Augsburgo y Ulm su obra magna, Physica sacra, también conocida como Kupfer-Bibel  o Biblia de cobre debido a la importancia de sus grabados calcográficos. Se trata de una ingente obra compuesta por cuatro volúmenes en tamaño folio en la que Scheuchzer intenta demostrar en más de 2.000 páginas la existencia de Dios a través de la ciencia, presentando las historias de la Biblia a través de explicaciones científicas sobre procesos naturales desarrollando una disciplina conocida como teología natural.

Physica sacra está ilustrada con 758 grabados calcográficos a plena página de enorme calidad artística, cuya elaboración estuvo dirigida y coordinada por Johann Andreas Pfeffel (1674-1748) y fueron ejecutados por los mejores grabadores de la época como Corvinus, Fridrich, Sperling o Linz. En estos grabados se muestra una gran diversidad de temas, desde la creación del universo hasta los detalles más exhaustivos del estómago de los rumiantes, desde la diversidad de serpientes, insectos o plantas citadas en la Biblia, hasta las diferentes formas que adquieren los cristales de hielo durante su formación. También se dedican varias páginas y láminas a describir fósiles de animales y plantas, incluido el hombre testigo del diluvio.

Se trata por tanto de un enorme compendio de saberes naturales profusamente ilustrados y enmarcados en orlas decorativas, todas ellas diferentes, y provistas de elementos alegóricos del tema tratado. La Biblia de cobre se publicó inicialmente en alemán y en latín, y posteriormente fue traducida al francés y al holandés utilizando las mismas planchas de cobre para las láminas. Este trabajo se convertirá en una referencia fundamental para los naturalistas de su tiempo.