Frederik Ruysch nació en La Haya, en el seno de una familia de clase media. Realizó estudios de farmacia y medicina en la Universidad de Leyden, donde coincidió y entabló amistad con Jan Swammerdam. Tras graduarse, en 1666 pasó a formar parte del gremio de cirujanos de Ámsterdam.

Fascinado por la anatomía y la fisiología humanas, Ruysch comenzó a investigar sobre nuevas formas de preparación y conservación de los cadáveres a los que tenía acceso. El método que inventó pasaba por calentar una mezcla de talco y cera blanca e inyectarla en los vasos sanguíneos en forma líquida. Una vez fría era posible realizar cortes y disecciones y posibilitar la observación de estructuras internas. Si teñía de rojo esta cera con cinabrio, los cuerpos y órganos adquirían un tinte más realista. El resultado fue tan sorprendente y comenzó a trasmitir su método, produciendo una exposición en 1671 que cosechó un gran éxito. Por primera vez el público podía observar los órganos internos, animales exóticos conservados en tarros, así como dioramas complejos de esqueletos de niños junto con esqueletos animales, corales, moluscos o insectos en composiciones. Tal era la calidad de la preservación de órganos y cuerpos embalsamados que Ruysch consiguió reunir una de las colecciones anatómicas más famosas de Europa, muchos de cuyos ejemplares han llegado hasta nuestros días.

Gracias a su métodos de conservación, Ruysch demostró que casi todos los tejidos estaban irrigados por capilares sanguíneos, investigó las válvulas del sistema linfático, las arterias bronquiales y el plexo vascular del corazón. También fue el primero en sugerir que el feto se alimentaba a través del cordón umbilical.

En 1685 entra como profesor de botánica en el Hortus Botanicus de Ámsterdam, donde trabajará con Jan y Caspar Commelijn.

Ruysch publicó varios folletos y catálogos de su colección. También se conocen diversas publicaciones sobre cirugía, casos clínicos o conservación de tejidos. Su obra más importante, Thesaurus anatomicus primus, fue publicada entre 1701 y 1716. Se trata de un compendio en 10 volúmenes profusamente ilustrados con 42 calcografías elaboradas por el grabador Cornelius Huyberts. Entre estas ilustraciones, destacan las láminas plegadas que representan los dioramas de esqueletos infantiles en composiciones muy peculiares. En 1710 Ruysch publica Thesaurus animalium primus, con 7 láminas calcográficas que representan animales conservados en tarros.

Ruysch es admitido en 1715 como miembro de la Royal Society. En 1717 el zar Pedro el Grande, gran admirador de las habilidades de Ruysch, compra su colección completa, compuesta por unos 2.000 ejemplares botánicos, zoológicos y anatómicos, muchos de ellos teratológicos o con deformidades congénitas. Esta colección, junto con la de Albertus Seba que también compra el zar, formarán la base de las colecciones de historia natural de la Kunstkamera, el primer museo público de Rusia, abierto en 1719. Hoy en día se conoce como el Museo de Antropología y Etnografía de San Petersburgo y conserva unos 2 millones de ejemplares, entre los que se encuentran unos 916 pertenecientes a la colección de Ruysch.

En 1721 serán reimpresos los 10 volúmenes juntos del Thesaurus en una única obra titulada Opera omnia anatomico-medico-chirurgica. Posteriores ediciones serán ampliadas con los nuevos descubrimientos de Ruysch y publicadas en 1724 como Curae posteriores seu thesaurus anatomicus omnium precedentium maximus y en 1728 como Curae renovatae seu thesaurus anatomicus post curas posteriores novus. Por otra parte, tras la venta de la primera colección Ruysch comienza a confeccionar una segunda, cuyo catálogo publica en 1721 con el título de Musaeum anatomicum Ruyschianum.

Tras la muerte de Ruysch en 1731 su colección fue subastada, para lo cual se elaboró el catálogo Catalogus Musaei Ruyschiani. Praeparatorum Anatomicorum, variorum Animalium, Plantarum, aliarumque Rerum Naturalium, con 1.300 especímenes listados. Posteriormente varias traducciones de sus obras fueron publicadas en francés (1734), holandés (1744), e inglés (1751).