Lonicer (o Lonitzer) nació en Maburgo, donde estudió filosofía y medicina durante su juventud hasta su traslado a la Universidad de Maguncia para continuar sus estudios de medicina. Allí fue alumno de Conrad Gesner,

En 1553 es nombrado profesor de matemáticas en la Universidad de Maburgo y en 1554 obtiene el grado de doctor en medicina y se traslada a Frankfurt a trabajar como médico.

En ese mismo año Lonicer se casa con Magdalena Egenolff, hija del famoso editor e impresor Christian Egenolff (1502-1555), quien había publicado el importante tratado sobre destilación de Hieronymus Brunschwig (ca. 1450-1512) además de otras polémicas copias de tratados sobre hierbas y plantas. A la muerte de su suegro Lonicer se convierte en director de la firma editorial y aprovecha la información contenida en estas publicaciones para confeccionar su propia obra, Kräuterbuch (Libro de hierbas), que ve la luz en 1557.

Kräuterbuch no solo es un compendio sobre plantas y técnicas de siembra y cultivo, sino que incluye también información sobre animales, minerales, jabones, metales, y un gran apartado sobre los procesos de destilación, una habilidad esencial para cualquier médico o boticario que quisiera extraer los aceites esenciales de las plantas que tuviera a su disposición. Provisto de unas 800 xilografías, la mayoría de las ilustraciones que utiliza Lonicer proceden de Herbarum de Otto Brunfels y de Historia Stirpium de Leonard Fuchs. El texto tampoco era original, sino que copiaba muchos aspectos del Hortus Sanitatis de Johannes de Cuba, entre otros.

A pesar de la falta de originalidad Kräuterbuch, el formato tuvo un gran éxito, y Lonicer lo reimprime hasta cuatro veces entre 1557 y 1577. Tras su muerte seguirá siendo reeditado hasta 1783, más de 220 años tras su primera publicación.

Lonicer contribuyó ampliamente a difundir las técnicas de destilación. También proporcionó la primera descripción del cornezuelo de centeno, así como la utilización de la piedra bezoar contra los venenos de serpiente. Pese a no ser considerado uno de los padres alemanes de la botánica renacentista, Linneo le dedicará el género Lonicera a las madreselvas en su honor.