Schott nació en una pequeña ciudad del estado alemán de Baviera a principios del siglo XVII. A los 19 años ingresó en la Compañía de Jesús, y estudia filosofía en la Universidad de Wurzburgo, donde entabla amistad con su profesor de matemáticas Athanasius Kircher. Tras la invasión sueca en 1631, Schott tiene que abandonar la ciudad y trasladarse primero a Bélgica y después a Sicilia, donde continua sus estudios de teología y es finalmente ordenado sacerdote. Allí imparte clases y mantiene una relación epistolar con Kircher, quien trabaja en esos momentos en Roma, en el Collegio Romano, y reclama a Schott como ayudante. Finalmente regresa a Wurzburgo en 1655, donde publicará varias obras sobre matemáticas, física e historia natural, y donde pasará el resto de su vida.

Entre 1657 y 1659 publica su obra más famosa: Magia universalis naturæ et artis, en la que plantea varios problemas matemáticos y físicos, relacionados en su mayoría con los campos de la óptica y la acústica. Como continuación de esta, en 1662 publica Physica curiosa, un compendio de animales extraños, seres anómalos y monstruos provisto de 58 láminas de grabados calcográficos en las que se figura todo tipo de seres fantásticos junto a animales reales que resultan exóticos en ese momento, como elefantes, jirafas, rinocerontes o zarigüeyas, entre otros muchos.