Commelijn nació en Ámsterdam en 1668, hijo de padre librero. Tras completar sus estudios de medicina en la Universidad de Leyden en 1694, vuelve a su ciudad natal donde sucederá en el cargo a su tío Jan Commelijn (1629-1692), miembro fundador del Hortus Botanicus en Ámsterdam. En 1696 Caspar publica un índice del Hortus Malabaricus de Van Rheede, trabajo que había publicado y comentado su tío Jan Commelijn. El índice de Caspar es denominado Flora Malabarica sive Horti Malabarici catalogus exhibens omnium eiusdem Plantarum nomina... y no contiene ilustraciones.

Como responsable del Hortus Botanicus, Caspar terminará las publicaciones que, a la muerte de su tío, habían quedado inéditas. Con la ayuda de Nicolas Witsen y de Frederik Ruysch, conseguirá financiar estos proyectos inconclusos, publicándose en 1697 y 1701 Horti Medici Amstelodamensis rariorum tam orientalis, quam Occidentalis Indiae, aliarumque peregrinarum plantarum magno studio  bajo la autoría de Jan Commelijn. Esta obra póstuma sobre las plantas del Hortus Botanicus procedentes de las Indias Orientales y Occidentales, y algunas provenientes del continente africano, se publica en dos volúmenes que contienen 112 magníficas láminas de grabados calcográficos cada uno, elaborados sobre dibujos originales de Jan Moninckx y su hija Maria Moninckx.

 En 1703 Caspar publica Praeludia Botanica ad Publicas Plantarum exoticarum demonstrationes, una obra sobre la sistemática de plantas exóticas con 33 láminas de grabados calcográficos, obra que se reimprime en 1715.

Caspar es designado profesor del Athenaeum Illustre de Ámsterdam en 1706, compartiendo el trabajo con Frederik Ruysch, y siguiendo las pautas de clasificación de Ray. Este mismo año se publica Horti medici amstelaedamensis plantae rariores et exoticae con 48 grabados de Peter Sluyter, trabajo que se reimprime en 1716.

 En 1718 ve la luz Botano-Graphia a nominum barbarismis restituta, quam Florae-Malabaricae nomine celebrem, alphabetice ordinavit, y en 1724 Caspari Commelini Horti Medici Amstelaedamensis plantarum usualium catalogus, dos nuevos índices botánicos sin ilustrar.